Пепсин, — фермент, вырабатываемый в слизистой оболочки желудка. Пепсин является одним из трех основных белков или протеолитических ферментов в пищеварительной системе , два других химотрипсин и трипсин. Эти три фермента были в числе первых выделены и использованы в кристаллическом виде. В процессе пищеварения, эти ферменты, каждый из которых является особенно эффективным в разрыве связей между конкретными видами аминокислот, сотрудничают с целью разрушения диетических белков их компонентов, на пептиды и аминокислоты , которые могут быть легко поглощены кишечными стенками. В лабораторных исследованиях установлено, что пепсин является наиболее эффективным в разрыве связей с участием ароматических аминокислот, фенилаланина, триптофана, тирозина. Пепсин синтезируется в неактивной форме в слизистой желудка. Пепсин, как и другие протеолитические ферменты, используется в лаборатории для анализа различных белков. Так же пепсин используется в изготовлении сыра и других содержащих белок продуктах питания.